骨髓增生异常综合征的存活率差异性较大，一般低危患者的存活率相对较大，中高危患者的存活率相对较小。其具体存活率受疾病分型、危险度分层、治疗反应及患者自身状况等多重因素影响。
低危患者病情相对较轻，转化为急性髓系白血病的风险较低，通过支持治疗（如输血、抗感染）和促造血治疗（如使用促红细胞生成素），部分患者可获得较长的生存期，5年生存率可达50%-70%，中位生存期约5-10年，甚至部分患者可长期存活十几年以上。
中危患者病情介于低危与高危之间，治疗方案相对复杂，可能需要联合化疗、去甲基化治疗（如使用阿扎胞苷、地西他滨）等，5年生存率大约在30%-50%，中位生存期常为3-5年。高危患者病情进展迅速，转化为急性髓系白血病的风险较高，治疗效果往往不理想，即使采用积极的治疗措施，如造血干细胞移植，5年生存率也仅在10%-30%，中位生存期约1-2年，部分患者生存期可能缩短至半年以内。
年龄、染色体核型等因素也明显影响预后。年轻患者对治疗的耐受性和反应可能更佳，存活时间相对较长；存在单纯del(5q)染色体异常的患者预后较好，而复杂核型者预后较差。此外，及时诊断、规范治疗及并发症控制对延长生存期至关重要。
