阿托品禁用于青光眼、前列腺肥大、幽门梗阻、心动过速、严重心脏病、甲状腺功能亢进、对阿托品过敏、高热、重症肌无力患者。
阿托品禁用于青光眼患者因其会升高眼压，加重病情。禁用于前列腺肥大患者因其可能加重尿潴留症状。幽门梗阻患者禁用因其会加重胃排空障碍。心动过速和严重心脏病患者禁用因其会加快心率，加重心脏负担。甲状腺功能亢进患者禁用因其可能加重甲亢症状。对阿托品过敏者禁用以防过敏反应。高热患者禁用因其会抑制汗腺分泌，影响散热。重症肌无力患者禁用因其会加重神经肌肉接头传递障碍。老年患者因其可能增加不良反应风险而慎用。孕妇及哺乳期妇女禁用因其可能对胎儿或婴儿造成不良影响。儿童尤其是婴幼儿禁用因其对阿托品敏感性高，易出现中毒反应。
使用阿托品时应严格遵循医嘱，不可自行增减剂量，用药期间如出现口干、视力模糊、心跳加速等不良反应应及时就医，驾驶员和机械操作者用药期间应避免从事需要高度集中注意力的活动，保存药物时应放在儿童无法触及的地方，并注意药物的有效期。
