阿莫西林的常见副作用包括胃肠道不适、过敏反应、皮疹、荨麻疹、血管神经性水肿、血清病样反应、二重感染、肝功能异常、血液系统异常、神经系统反应，长期使用可能导致耐药性增加，特殊人群如孕妇、哺乳期妇女、肝肾功能不全者需谨慎使用，同时应注意药物相互作用和禁忌证，用药期间需严格遵医嘱。
阿莫西林可能引起恶心、呕吐、腹泻、腹痛等胃肠道反应，过敏反应表现为皮疹、荨麻疹、血管神经性水肿，严重者可出现过敏性休克。血清病样反应表现为发热、关节痛、皮疹。二重感染可导致口腔或阴道念珠菌感染。肝功能异常表现为转氨酶升高。血液系统反应包括贫血、白细胞减少、血小板减少。神经系统反应可能出现头痛、兴奋、焦虑。长期使用会增加耐药性。儿童、老年人、肝肾功能不全者需调整剂量。与口服避孕药同用可能降低避孕效果。青霉素过敏者禁用。用药期间应完成整个疗程，即使症状改善也不应自行停药。
服用阿莫西林期间应避免饮酒，注意观察过敏反应症状，如出现呼吸困难、面部肿胀等严重过敏症状应立即就医，同时应按时服药，不要自行增减剂量，若出现严重副作用或不适，应及时咨询医生或药师。
