二代试管婴儿的畸形率并不明显高于自然受孕或一代试管婴儿，整体处于较低水平，属于较为安全的辅助生殖技术。
该技术主要针对男性严重少精、弱精、畸精症等精卵结合障碍问题，通过显微操作将筛选后的精子直接注入卵母细胞完成受精，理论上可能因操作损伤或精子异常遗传物质增加畸形风险，但实际临床数据显示其畸形率与自然妊娠无明显差异。
影响二代试管婴儿畸形率的核心因素在于胚胎染色体异常或遗传基因缺陷。若父母双方存在染色体数量、结构异常或基因缺陷，可能通过生殖细胞传递导致后代畸形，但此类风险与试管技术本身无直接关联，而是由遗传背景决定。此外，孕期环境因素如药物滥用、病毒感染、接触有毒物质等，同样可能诱发胎儿畸形，需通过规范产检进行筛查。
目前循证医学证据表明，二代试管婴儿的出生缺陷率与自然受孕婴儿接近，且若在胚胎植入前进行遗传学筛查或诊断，其异常概率可能低于自然妊娠。对于无指征的夫妇，建议优先选择自然受孕或一代试管婴儿，以减少不必要的医疗干预；若存在适应证，二代试管婴儿仍是一种安全有效的生育选择，但需严格遵循医嘱进行孕期管理。
