非淋菌性尿道炎通常不会自愈，需要及时就医并进行规范治疗。
非淋菌性尿道炎的病因较为复杂，引发该病的病原体多种多样，包括细菌、支原体、衣原体等，不同病原体的治疗方法存在差异，因此确诊病原体至关重要。虽然部分轻微病例可能依靠自身免疫力自愈，但这并非普遍情况，而且存在很大的不确定性。未经治疗的非淋菌性尿道炎可能导致病情迁延、转为慢性，甚至引发一系列并发症，如前列腺炎、盆腔炎、不孕不育等，严重危害健康。大多数情况下，非淋菌性尿道炎需要针对具体病原体进行规范的抗生素等治疗，才能有效控制病情，防止复发和并发症的发生。同时，预防措施也至关重要，采取安全性行为、注意个人卫生等，可以有效降低感染风险。个体免疫力、健康状况等因素也会影响疾病的转归，因此建议患者在出现症状后及时就医，进行专业的诊断和治疗，避免延误病情。
日常生活中，应注意个人卫生，保持外阴清洁干燥，避免与他人共用毛巾、浴盆等物品，性生活时使用安全套，并定期进行体检，及时发现和治疗疾病。
