高危型HPV39阳性是否严重，需要根据是否发生鳞状细胞病变来判断。如果没有发生一般病情尚轻；如果已经发生，则病情相对比较严重。
如果没有发生鳞状细胞病变，单纯的HPV39阳性可能并不算是特别严重的情况，但仍需要引起足够的重视并密切关注。因为大多数情况下，人体自身的免疫系统能够在一定时间内清除病毒，尤其是年轻、免疫力较好的人群，可能会实现自然转阴，并不会导致严重的健康问题。
然而，如果已经发生了鳞状细胞病变，比如宫颈癌前病变或宫颈癌，那么病情就相对比较严重了。因为从HPV感染到发展为宫颈癌是一个较为漫长的过程，但一旦发展到宫颈癌阶段，就会对女性的生命健康构成严重威胁。
因此，对于HPV39阳性的患者，无论是否有症状，都应及时就医进行规范的治疗和管理，以防止病情进一步恶化。同时，保持良好的生活习惯和免疫力也是预防HPV感染和宫颈癌的重要手段。
