第三代试管婴儿的弊端主要包括：技术复杂，成本较高；存在胚胎筛选误差的风险；可能对胚胎造成伤害；无法完全排除遗传疾病。
第三代试管婴儿技术涉及基因筛查，技术要求高，操作复杂，因此治疗费用相对较高，不是所有家庭都能承受。在胚胎筛选过程中，可能会出现误差，导致无法准确判断胚胎的遗传状况。这种误差有可能导致移植的胚胎并非完全健康，从而带来一定的风险。在进行基因筛查时，需从胚胎中提取细胞，这个过程可能对胚胎造成一定的伤害，影响其后续发育。尽管第三代试管婴儿技术可以筛查部分遗传疾病，但目前的医疗技术尚无法做到对所有遗传疾病进行筛查，因此仍有可能出生患有遗传疾病的孩子。
为了降低第三代试管婴儿的风险，孕妇在备孕和孕期应保持良好的生活习惯，合理膳食，适量运动，避免接触有害物质。同时，要积极配合医生的治疗方案，定期进行产检，确保母婴健康。在日常生活中，孕妇应保持愉悦的心情，避免过度紧张和焦虑，注意休息，确保充足的睡眠。家庭成员也应给予孕妇足够的关爱和支持，共同度过这个特殊时期。
