咪喹莫特乳膏的功效主要是免疫调节。
咪喹莫特属于一种免疫调节剂，外用制剂咪喹莫特乳膏具有局部免疫调节作用。在病变部位使用后，可以诱导病变部位产生包括α-干扰素在内的、具有免疫活性的细胞因子，增强局部的细胞免疫功能，从而达到杀灭和清除人乳头瘤病毒、阻断上皮细胞异常增殖的作用，临床上用于治疗扁平疣、寻常疣、尖锐湿疣等疾病。
因咪喹莫特并没不直接发挥抗病毒作用，也没有细胞溶解和破坏作用，所以其治疗作用的发挥依赖于身体的基础免疫功能。当身体免疫功能完全缺陷的时候，使用咪喹莫特乳膏一般起不到预期的治疗作用。
用药期间时观察局部反应，一旦发现局部有不能耐受的红肿、瘙痒、灼热、刺痛等症状时，通常都需要停止继续用药；反应轻微的则可以继续坚持治疗。
