吉兰-巴雷综合征85%的患者在1～3年完全恢复，少数患者留有长期后遗症，病死率约为5%。
吉兰-巴雷综合征的死亡率，随着呼吸机的应用，抢救手段的增多而下降，而且吉兰-巴雷综合征的发病率明显降低，这和卫生环境改善有很大关系。在80年代以前，农村的环境污染比较重，而且老百姓不注重环境卫生、自身卫生，大多数通过人传人，肠道菌感染，导致吉兰巴雷发生。病情严重的病人在2周以内会出现呼吸肌的麻痹。呼吸肌麻痹后不积极抢救，以前死亡率基本上能达到20%。
因为吉兰-巴雷综合征发病率的降低，以及抢救手段的增多，如出现呼吸肌麻痹的早期，即可进行气管插管呼吸机支持，3-4个月呼吸肌会慢慢改善，所致其死亡率明显下降，但还有一定致残率。
