巴氏腺囊肿一般不会自愈，常常需要药物治疗，甚至手术治疗才可以治愈。
巴氏腺囊肿一般与局部感染相关。局部感染会阻塞腺管开口，导致腺体潴留，逐渐增大形成巴氏腺囊肿。巴氏腺囊肿主要是因为自身免疫力比较低，受到细菌和病毒感染之后引起，有可能会导致局部的腺液分泌增多和腺管口堵塞。
小的囊肿且没有急性感染，患者可没有任何明显的自觉症状，往往在妇科检查时被发现。大的囊肿，患者可感到外阴有坠胀感或有性交不适。
巴氏腺囊肿一般不会自愈。患者无症状则无需治疗，但是需要密切观察病情的进展。如果出现局部红肿热痛，往往与感染有关。需要在医生的指导下使用抗生素类药物治疗。常用的抗生素类药物包括头孢克肟、头孢曲松钠、阿奇霉素、诺氟沙星、甲硝唑等。如果囊肿影响患者的日常生活或反复发作、形成脓肿，需要进行手术治疗，如前庭大腺囊肿造口术、前庭大腺脓肿造口术等。
