卵巢囊肿的治疗需根据患者的年龄、临床症状、卵巢囊肿的类型和大小采取不同的治疗方法。对于没有任何症状的卵巢囊肿，通常会对患者进行随诊观察，如果卵巢囊肿持续存在或增大、有恶变的风险（如绝经后妇女出现卵巢囊肿）或发生破裂、扭转时，需手术治疗。主要的治疗方式包括药物治疗和手术治疗。
对于暂行观察的患者，医生可能会建议使用一些避孕药，可在一定程度上预防新的卵巢囊肿的发生。
当卵巢囊肿持续进展或发生破裂、蒂扭转而出现急腹症时，应进行手术治疗。
手术方法包括卵巢囊肿切除术、患侧卵巢切除术、全子宫切除术或附件切除术。患者可开腹或经腹腔镜进行手术，腹腔镜手术适用于比较小的囊肿，医生会在患者肚脐上面或下面切开一个小口，然后将带有摄像头的腹腔镜插入腹部，在摄像头的监视下进行手术。相较于开腹手术损伤较小。
治疗周期一般受病情严重程度、治疗方案、治疗时机、年龄体质等因素影响，可存在个体差异。
多数卵巢囊肿可自行消失，但严重者如果没有得到及时诊断与治疗，可能会继发感染、囊肿蒂扭转等，对患者的生活、工作等造成不利影响，甚至威胁生命。
