排卵期肚子疼的原因可分为生理性以及病理性，具体如下：
排卵期肚子疼可能是生理性腹痛。主要是卵泡破裂后卵泡液进入到盆腔内，刺激盆腔腹膜，引起无菌性炎症反应，出现疼痛感。排卵期生理性腹痛的症状比较轻微，主要表现为腹部下坠感或者胀痛，持续一两天后消失。若疼痛无法耐受，可遵医嘱口服吲哚美辛胶囊、布洛芬缓释胶囊等止痛药缓解不适症状，用药期间出现恶心呕吐、呼吸困难等症状时应停药就医。
因本身所患的妇科慢性炎症性疾病，引起的排卵期肚子疼痛症状，比如慢性子宫内膜炎或者慢性输卵管炎。平时可能没有明显的症状，但是进入排卵期后，受体内激素水平波动的影响，盆腔内的组织器官出现充血现象，会诱发或者加重疼痛症状。这时除上述止痛药外，还可遵医嘱口服阿莫西林胶囊、替硝唑片等药物消炎止痛抗感染，一般可暂时缓解症状。
