临床上并不存在宫颈囊肿自愈的最佳方法这一说法，宫颈囊肿多为生理性变化，如果没有不适症状，通常不需要进行治疗，只要日常做好卫生保健工作，避免经期性生活以及不洁性生活即可。但囊肿较小时对于有特殊要求的患者可以进行物理治疗，囊肿较大时则需通过手术治疗。合并慢性宫颈炎时则需应用药物进行治疗。
对于较小的表浅囊肿，如果患者有要求，可给予激光、冷冻、微波、LEEP刀等物理治疗方法。
对于囊肿较大或症状明显的患者则需通过手术进行治疗，常用宫颈囊肿造口术、子宫切除术或宫腔镜下电切术。
若患者的宫颈囊肿是由于慢性宫颈炎所致，医生则会对患者进行病原体检测，然后针对性的使用抗生素进行治疗。淋病奈瑟菌所致的宫颈炎，常用头孢菌素（如头孢曲松钠、头孢克肟等）及头孢霉素类（如头孢西丁）类药物；沙眼衣原体所致的宫颈炎，常用四环素类（如多西环素、米诺环素）、大环内酯类（如阿奇霉素、克拉霉素）、氟喹诺酮类（如氧氟沙星、左氧氟沙星）类药物。
