通常做试管婴儿取卵会有疼痛感，但不会很剧烈，取卵时只要配合医生和护士，一般都能耐受疼痛。试管取卵主要在超声的探头引导下，在探头插入一根穿刺针，将穿刺针引导至卵泡的地方，进行卵泡刺破，再抽吸卵泡液，卵子随着卵泡液被携带出来，医生在显微镜下将卵泡中的卵子找出进行体外培养。
一般由于探头在阴道内，同时带有穿刺针，穿刺针在刺破阴道后穹窿时会有疼痛，刺破卵泡时也有胀痛不适，但是多数人都能够耐受，因为疼痛不会剧烈。一旦发生比较剧烈的疼痛，可能有其它组织的损伤。
最重要的，目前取卵前会给患者实施静脉麻醉，睡一觉就做完了。但因为毕竟是有创操作，麻醉清醒后还会感到些许疼痛，但能忍受。如出现无法忍受的疼痛，需要及时去医院，医生此时应判断有无取卵后出血、损伤、感染等情况。
患者试管取卵后禁止剧烈运动，由于取卵及促排卵药物对卵巢的刺激，卵巢体积相应增大，取卵后进行剧烈运动容易导致卵巢扭转，而且也会加重卵巢渗液，对女性健康产生不利的影响。
