子宫囊肿通常指的是宫颈囊肿，是一种子宫良性病变。
在宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞。腺管周围的结缔组织增生或形成瘢痕压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿叫宫颈纳氏囊肿。浅部的囊肿通常在妇科检查时可发现，表现为单个或多个青白色小囊泡。深部的子宫颈腺囊肿则可使宫颈呈不同程度肥大。
子宫囊肿大小不等，一般较小而分散。可单独出现，亦可多个出现。在慢性子宫颈炎时，子宫颈腺体及周围组织都增生。当腺管被周围组织所挤压，腺口阻塞，使腺体内的分泌物不能外流而潴留于内，致腺腔扩张，形成大小不等的囊性肿物，称为子宫颈腺潴留囊肿。
子宫囊肿按病因可分为先天性子宫囊肿和后天性子宫囊肿，后天性子宫可能是由于一些疾病发展而来的，详情如下：
先天性子宫囊肿是由于女性在胚胎发育时期，由于部分的组织没有完全退化，而是留在了子宫内，逐渐形成囊肿。通常情况下，先天性子宫囊肿的患者没有较为明显的症状，部分患者会出现腹胀、腹痛等症状，有时可摸到下腹部肿块。
主要是由良性疾病继发而来或由浆膜的间质细胞发展而来，其中包括囊性的子宫腺肌瘤、子宫肌瘤囊性变等。
