阴超镜检查一般没有明显的疼痛感，但极少数患者会有疼痛感。
阴道镜检查是让受检查者躺在床上，然后用窥器暴露宫颈和阴道，通过将超声探头放入阴道内，来检查子宫、双侧附件以及盆腔有无异常情况。由于超声的探头比较小，加上宫颈的神经极为不丰富，所以疼痛也不会非常明显。
如果患者有阴道炎或盆腔炎，可能会在超声探头置入阴道时感觉到疼痛。另外，患者有子宫内膜异位症，特别是深部浸润的子宫内膜异位症或者有盆腔肿瘤，当超声探头顶到阴道后穹窿或病灶位置时，患者可能会感觉到疼痛。
值得注意的是，阴超镜检查只适合有过性经历的女性，如果没有性经历的女性做阴超检查，可能会由于探头损伤处女膜，出现撕裂样疼痛。
在检查之前，需要把膀胱内的尿液排干净。因为膀胱充盈之后，可将盆腔内的器官推向远处，影响观察的效果。
如果患者处于月经期或者刚做完流产术后，有阴道出血的情况，不建议做此项检查。
