治疗尖锐湿疣的外用药有腐蚀性药物、免疫调节剂、细胞毒性药物，患者需要根据具体情况选择针对性的药物治疗。
注射用二氯醋酸二异丙胺葡萄糖酸钠、鸦胆子油乳注射液，可腐蚀局部的疣体组织，使疣体发生溶解以及溃烂，从而出现坏死脱落，但是会损害到真皮组织，易造成疤痕，禁止将药物涂抹在正常的皮肤上，容易损伤皮肤。这些药物必须由有经验的医生进行应用，患者单独使用有可能会造成损伤。
可遵医嘱外用咪喹莫特刺激免疫反应，增强免疫力从而减少患者的复发几率，可使较小的疣体脱落。
还可遵医嘱外用鬼臼毒素，使病变细胞受到损伤后坏死，可治疗直径小于10毫米的生殖器疣，通常治愈率较高。
建议患者在医生的指导下使用药物，避免滥用药物，且外用药物只能够消除患病处的表面疣体，不能够完全治愈尖锐湿疣，并且发病的位置比较特殊，受损伤时易引起不适感。
