扁桃体切除通常没有后遗症。
婴幼儿年龄较小，如果出现反复感染、打鼾可以做扁桃体切除术。而对于健康的成年人而言，如果扁桃体反复发炎引起高烧、咽喉疼痛等症状，可考虑作扁桃体切除，而对于一些慢性炎症而言，做扁桃体切除也同样适合。此外，扁桃体反复发炎可导致扁桃体肥大，未及时切除可引起咽腔狭窄。患者睡觉时会出现睡眠呼吸暂停综合征，严重时甚至会出现缺氧，也需要及时将扁桃体切除。
临床上常用的扁桃体切除术为局麻扁桃体剥离法、全麻扁桃体切除法。术后有些病人可能会出现出血、感染等并发症，需临床密切观察，如果出现并发症及时进行处理。
