一般情况下，做骨髓移植是否有后遗症，要根据具体情况来判断。
骨髓移植手术，一般是急性白血病、难治复发性淋巴瘤或重症再生障碍性贫血等血液系统疾病患者。通过超大剂量化疗彻底清除体内微小残留病灶，再回输骨髓移植来完成造血和免疫重建，达到治愈疾病的效果。骨髓移植作为一种高风险高收益的治疗手段，术后可能长期存在一些并发症，如长期的排异反应，长期的器官功能损害，一些难以完全控制的慢性感染等。
这些并发症可能反复发作，甚至长期存在，降低患者生活质量。一般自体移植造血重建快，没有排异反应，相关风险小。而异体移植造血重建慢，可能出现各种排异反应，相关风险高。
