一般情况下，造血干细胞移植的风险如下所示：
在进行造血干细胞移植时，免疫机能处于重度低下状态，细菌、病毒、真菌等病原体很容易侵入人体，导致机体感染的风险显著增加。并且感染往往不易控制。感染时移植的而主要死亡原因之一。
移植中血小板减少或凝血机能异常可以导致出血，重要脏器出血，特别是中枢出血，可能危及生命。
移植过程中治疗非常复杂，需要使用超大剂量化疗和抗排异、抗感染等多种药物。这些药物可能导致重要脏器的损伤甚至功能衰竭。
异基因造血干细胞造血重建后多数患者会发生不同程度的移植物抗宿主病，导致发热、血细胞减少、脏器损害等多种表现。重度移植物抗宿主病是移植的主要死亡原因之一。
移植还可能发生植入失败、肝静脉闭塞性疾病等其他多种并发症。
