在临床上，输尿管结石患者会出现上腹部或腰部疼痛。
输尿管结石引起的疼痛多为突发性的上腹部或腰部疼痛，疼痛为阵发性加重，间断缓解，疼痛可能会沿着输尿管走行的方向放射到同侧的腹股沟或下腹部，男性还会引起同侧睾丸疼痛，女性会出现同侧阴唇疼痛。
输尿管结石引起疼痛的原因主要是结石导致尿路梗阻，输尿管管腔内压力增高，管壁扩张、缺血和痉挛，从而引起的疼痛。疼痛的程度与结石的大小、位置以及活动与否、是否存在感染等因素有关。
