颅骨骨瘤原因比较复杂，临床已经发现的病因主要是遗传、胚胎残留和化学等方面因素。
颅骨骨瘤的危险因素，包括颅脑外伤史、肿瘤家族史，如家族中有肿瘤疾病的那么颅骨骨瘤的发病风险会提高。此外长时间接触射线以及油漆、铅、汞、农药等也会导致颅骨骨瘤的发病风险提高。
因为发病机制的不确定性，所以在后期治疗过程中会显得相当漫长。但颅骨骨瘤属于良性肿瘤的一种，而且它的生长速度非常缓慢，所以在后期治疗时，也无需太过于担心。如果颅骨骨瘤特别小的话，基本药物治疗就可以控制。
