窦性心律不齐临床常见的检查包括普通体表心电图、24小时动态心电图以及心脏电生理检查等。
普通体表心电图是临床最常用的检查方法，可以反映正常心电活动以及各种心律失常，通常窦性心律不齐在心电图上的表现比较明显，呈现R-R间期不均等，心律不规整，但是电压以及各波形的形态均正常。
用于记录一昼夜内的心律及心率的变化情况，通常用于体表心电图无法捕捉的某些心律失常，例如做心电图时正好未发生窦性心律不齐，而患者又明显感觉有不适症状，可使用24小时心电图来进行补充诊断。
心脏电生理检查属于侵入性检查，患者有一定的痛苦甚至创伤，因此不作为常规检查手段，但是当患者有某些隐匿性心律失常以及常规检查不能发现的心律失常时，就要使用心脏电生理检查来帮助诊断，例如24小时动态心电图也未捕捉到窦性心律不齐的发生，就需要使用心脏电生理检查来刺激诱导发病，从而可以明确诊断。
