肛周脓肿根治术就是进行脓肿切开引流术，大部分的患者都需要进行切开引流，但手术切开引流的方式与具体步骤可以因为脓肿的部位不同而不同。
对于比较表浅的肛门周围脓肿，只需要在局部浸润麻醉下进行，可以在脓肿波动最明显的地方做一个与肛门呈放射状的切口，为了保证引流的通畅需要填塞油纱条。
而对于位置较深的肛周脓肿，可能就需要在腰麻或者骶管麻醉下进行。在压痛明显处用粗针头先做一个穿刺，抽出脓液以后再在该处做一平行于肛缘的弧形切口。切口应该距离肛缘3-5cm，以免损伤肛门周围的括约肌，切口应该足够长，可以应用手指进行脓腔的探查，一般也需要放置引流管或油纱条引流。术后要给予患者止痛、换药等处理，促进患者的恢复。
