一般情况下，耳根疼的原因如下：
耳根疼痛常是由于耳部炎症所引发的疼痛，如外耳道炎、急性中耳炎、大疱性鼓膜炎等疾病，通常耳部炎症会伴随有耳部分泌物增多、耳部疼痛等症状。同时，耳根疼也可能是由于耳部肿瘤，从而压迫神经或者周围组织造成的。
通常是由于耳根相邻器官或者组织发生病变，从而引发的继发性耳根疼，如咽喉、口腔、颞颌关节、腮腺等部位，疾病由神经反射至耳根部造成耳根疼，如颞颌关节炎、扁桃体周围炎、下颌智齿阻生、腮腺炎等。此时患者除耳根疼外，还可能会伴随有其他部位的症状，如咽喉部病变引发的耳根疼通常还会伴随咽喉疼痛症状，颞颌关节炎除耳根疼外还可能合并有颞颌关节弹响等。
