肠道真菌感染会引起的后果主要包括引起腹痛腹泻，还有可能会引起菌血症，严重的会导致死亡。
肠道菌群感染就是真菌性肠炎，是真菌在肠道内大量滋生而引起的，一般多见于长期滥用抗生素以及激素导致肠道菌群失调的患者。因为真菌在肠道内是条件致病菌，正常情况下会有少量的真菌在肠道内滋生，当出现菌群失调的时候，由于正常菌群不能抑制真菌，所以就会导致真菌大量滋生，当真菌大量滋生以后就会刺激肠道黏膜而引起肠黏膜的炎症，所以就会导致腹痛、腹泻等临床症状。
如果真菌比较多，进入血液就有可能会导致菌血症，细菌随着血液到达全身的其他脏器，就有可能会导致其他脏器的炎症，比如进入大脑就有可能会引起真菌性的大脑炎。
出现真菌性的肠炎可以使用抗真菌的药物治疗，比如可以服用盐酸特比萘芬片等。平时要注意多锻炼身体，增强体质，避免滥用抗生素等。
