妇科彩超和阴超的操作方法不同，妇科彩超指经腹部进行，阴超是经阴道进行。两者各有优势，但是从检查效果来看，阴超受到的干扰更小，成像更加清晰准确。
阴超通过阴道进行检查，没有腹部脂肪和肠管的干扰，检查到的图像更加清晰、准确，尤其对早期妊娠、病变较小、腹部肥胖的患者有显著优势，同时不需要充盈膀胱，检查时间更灵活，节省了时间，减少了患者憋尿的不适感。但是阴超不适合没有性生活史的女性或者有性生活史但是阴道出血较多的女性，在检查人群上有一定的限制。
而传统的妇科彩超检查，没有检查对象的限制，全部女性人群都可以进行这个检查。
