得了慢性肾盂肾炎要谨慎对待早期诊断，因为其治疗与急性肾盂肾炎有所区别。如果急性肾盂肾炎患者无法恢复，就可能成为慢性肾盂肾炎。
首先治疗慢性肾盂肾炎的方法主要是药物治疗，早期使用抗生素进行经验性治疗，同时行尿培养，通过培养分离的菌属和药敏试验再进行系统的抗生素治疗。
如果异物残留在上尿路，不能促进细菌清除可能导致并发症。当上尿路结构异常和原发性肾病的患者逐渐出现肾功能衰竭时，监测和保护肾功能，保持尿路畅通，减少肾损害，可达到治疗慢性肾盂肾炎的目的。
慢性肾盂肾炎的细菌性“复发”是由于初始治疗不完全所致。所以，如果通过各种检查方法在尿液中发现细菌，可使用低肾损害的高浓度的抗生素4-6周以上。
