血小板减少症需要和再生障碍性贫血、急性白血病以及系统性红斑狼疮等疾病进行鉴别。
再生障碍性贫血是T细胞功能亢进所致的骨髓造血功能衰竭，表现为全血细胞减少，特别是血小板数量的减少，其发生早，降低幅度大，有时甚至是再生障碍性贫血的首发表现。但再生障碍性贫血患者骨髓增生减少，特别是巨核细胞显著减少或缺如。而血小板减少症的患者聚合细胞大多是正常甚至升高。
急性白血病发病时，患者也可因白血病细胞浸润骨髓导致血小板减少，并有鼻出血、皮肤黏膜出血等表现。骨髓检查会发现骨髓中存在大量原始或幼稚的白血病细胞，而血小板减少症患者的骨髓一般是正常的。
系统性红斑狼疮发病时除了出血症状以外，还会有蝶状红斑、光过敏、脱发、关节肿痛、蛋白尿等表现，筛查可见自身抗体阳性。
血小板减少症有可能和其他疾病有相似的症状表现，在临床上需要进行及时的鉴别，需要详细检查患者的体征，并且及时进行血常规、骨髓穿刺术等一些辅助检查，能够及时明确诊断。
