通常情况下，睡醒起来眼睛疼是以下原因导致：
如果患者长时间熬夜，睡眠不足，用眼过度会导致视力疲劳，从而出现睡醒起来眼睛疼的现象。
睑腺炎也被叫做麦粒肿，是眼睑腺体和睫毛毛囊的急性化脓性炎症，通常是由于细菌感染导致的。睑腺炎患者会出现眼部充血、疼痛，且会在眨眼睛时更加严重，患者还可能在近睑缘处出现有疼痛感的硬结，在睡醒后，可能加重疼痛症状。
如果患者由于外伤、上睑下垂矫正术等原因使角膜不能被眼睑保护、遮盖，从而导致患有暴露性角膜炎，在炎症刺激下，可能会出现睡醒起来眼睛疼的现象，患者还可能伴有畏光、充血等症状。
如果患有青光眼，由于眼压增高，患者也可能会睡醒起来眼睛疼。
