灰指甲可以治愈，但是不能叫根治。
灰指甲是一个比较顽固且难治的皮肤病，尽管灰指甲并不属于非常严重的疾病，但是由于甲板的特殊结构，所以药物很难渗透到里面去。再加上指甲的生长速度又很慢，所以治疗往往很难快速、明显起效。患者很容易丧失治疗信心，不能坚持治疗。也可能会急于看到效果，而进行非正规的治疗，导致病情加重等。
根治灰指甲，需要在医生的指导下，坚持正规、足量、足疗程的正规治疗。治疗主要是遵医嘱使用抗真菌类的药物，如伊曲康唑。为了确保外用药物的渗透性，在局部用药前，需要先用指甲锉等磨薄甲板，再进行用药，可以大大提高药物的药效。
灰指甲治愈后，某些患者因为遗传易感性，或者在生活中不注意，再度感染真菌，有可能会出现病情复发。
