舌咽神经痛除了会引起舌咽神经分布区域的疼痛症状以外，还可以并发唾液分泌增多以及吞咽困难和语言困难，此外还可以导致出现喉部痉挛。
舌咽神经痛常用的治疗药物为抗癫痫药物，长期服用抗癫痫药物可以导致出现困倦、牙龈增生等并发症。药物治疗无效的需要进行手术处理，手术后可以引起后组颅神经的损伤，比如引起饮水呛咳、声音嘶哑、刺激性干咳、咽部异物感等并发症。
另外手术后有出现脑脊液漏并发症的可能，手术过程中如果硬脑膜缝合不严密或者乳突气房开放可以引起脑脊液漏。此外有引起颅内出血并发症的可能，也有术后导致听力下降的可能。
