舌咽神经痛当药物治疗无效，发作频繁，疼痛剧烈，严重的影响日常的生活和工作时，就需要进行手术。
舌咽神经痛首选药物治疗，大多数通过药物治疗后还是能够控制的，特别是在疾病的初期，通过积极的药物治疗能够缓解疼痛，首选药物为抗癫痫药物，此外可以应用抗抑郁药物、营养神经药物和局部麻醉药物。
有一部分病人疼痛特别剧烈，发作频繁通过用药治疗以后不见好转，这时可以考虑进行手术，首选手术方式是微血管减压术，此外还可以进行舌咽神经选择性部分切断术。
