舌咽神经痛的治疗方法主要包括药物治疗和手术治疗。
首先可以通过药物治疗，大多数通过药物治疗可以减轻，甚至完全恢复，常用的药物为抗癫痫类药物，抗癫痫药物可以降低神经的敏感性，抑制疼痛的病理性神经元反射来缓解症状；此外还可以应用一些抗抑郁药物以及营养神经药物。
对于发作频繁的可以局部注射局麻药物也能够使症状改善，对于经过药物治疗无效仍然发作频繁的病人可以进行手术处理，手术的首选方式是进行微血管减压手术，对于手术过程中找不到责任血管的，可以进行舌咽神经的部分切断术。
