手术是治疗胃肠间质瘤的首选治疗方法。
对于初发性的胃肠间质瘤，病变相对比较局限，没有发生扩散之前，要尽早进行根治性手术，如果能够做到早期发现和早期治疗，部分患者是可以治愈的。
但是如果发现胃肠间质瘤时已经存在癌症转移或扩散的情况，需要根据患者的具体情况选择治疗方案。如果患者身体耐受力良好，病情允许进行手术，还是以手术治疗为主，术后进行靶向治疗。如果患者的病情相对比较复杂，患者的身体难以耐受，或者肿瘤相对较大时，需要先进行靶向治疗，肿瘤体积缩小后进行全面评估，尽早进行手术治疗。
