引起消化不良的疾病比较多，只有排除其它病理性、器质性疾病，才能诊断为功能性消化不良，因此病史非常重要，需要根据消化不良的症状、程度、发生频率以及症状发生与进餐的关系、夜间有无消化不良症状、排便情况，有无便秘、腹泻，进食量有无改变，有无进食量下降，有无明显体重下降。
医生会根据患者提供的病史选择合理检查，基本检查包括大便常规检查、血常规检查。如果患者出现报警症状，比如黑便，腹部包块、消瘦、贫血，年龄在45岁以上的初发患者、存在消化道肿瘤家族史，或者症状呈进行性加重，患者需要进行消化系统肿瘤标志物检测、腹部CT检查。还需要尽早进行幽门螺杆菌检测和胃肠镜检查。
