半夜两三点右侧腹部隐痛的原因可能有以下几种：
比如胆囊结石、急慢性胆囊炎均可引起夜间右侧腹部隐痛，主要跟夜间迷走神经兴奋，导致胆囊平滑肌兴奋所致，需积极治疗，可以口服抗生素抗感染及消炎利胆片改善症状，保守治疗无效的建议手术切除胆囊。
各种肝脏疾病如急慢性肝炎、肝癌等可以引起半夜右侧腹部隐痛，主要是由于肝细胞大量破坏或者肿块压迫导致的疼痛，需要行腹部超声检查及化验肝功能进一步明确。如果是肝炎，需给予异甘草酸镁、谷胱甘肽等保肝治疗，肝癌需要手术或者放化疗。
十二指肠球部溃疡也是可以表现为半夜凌晨右侧腹部隐痛，主要跟夜间十二指肠内胃酸增多有关，行胃镜检查可以明确诊断，可通过口服奥美拉唑、泮托拉唑等药物抑制胃酸分泌促进溃疡愈合，改善症状。
