骨髓移植手术的风险是根据患者的病情程度和对移植物的反应决定的，并不能简单的判断。
骨髓移植手术一般指异基因造血干细胞移植，将正常骨髓通过静脉输入患者体内，以取代病变骨髓，帮助患者重建正常的造血与免疫系统。在进行骨髓移植手术前，需要对患者使用大剂量化疗药物进行预处理，移植后需要进行免疫抑制治疗，减少机体对移植物的排斥。
骨髓移植手术的风险来源于两个方面，一方面是预处理时发生的毒副作用，如放射性胃肠道损伤、出血性膀胱炎等。部分身体素质较差的患者不能耐受预处理，会加重疾病，导致骨髓移植手术失败。另一方面是移植后的并发症，如感染、移植物抗宿主病。进行移植手术后患者服用免疫抑制剂，如糖皮质激素、免疫制剂等，机体的抵抗力明显下降，容易发生感染，且不容易控制，严重者会出现死亡。移植物抗宿主病包括急性和慢性两种类型，单纯的移植物排异反应有轻有重，重者可能会危及生命。
