需要从临床症状和查体等情况，分辨是肛乳头炎还是肛窦炎。
肛乳头炎患者的临床症状，以肛管内部瘙痒、疼痛、便血为主，较大的肛乳头可突出肛门；而肛窦炎患者一般不会出现病灶突出肛门的情况，也可能出现肛门内部瘙痒、疼痛、便血症状。不过，患者的痛点比较明显，可伴随流脓、流水症状。
肛乳头炎患者查体时，可发现肿大的肛乳头，可能突出肛门；而肛窦炎患者从外观上，一般无法发现和确诊病变，在进行肛门镜检查时，可发现患病的肛窦，可能出现局部红肿情况。
通过上述两方面情况，基本可以区分肛乳头炎和肛窦炎。但是，这两种病变情况，临床症状有些类似，并且，这两种病变可互相影响，建议及早就医治疗，从而稳定病情，改善临床症状。
