引起早上尿黄的原因分为生理性因素和病理性因素。
临床上，常见的生理性因素是患者在前一天晚上喝水比较少，由于尿液经过一晚上的浓缩，在早上排尿时，可表现为尿液颜色比较深，不会伴有其他异常症状，此种现象通过多喝水勤排尿，就可以缓解，不需要太过担心。
如果尿黄同时伴有尿频、尿急、尿痛等症状，考虑可能是炎症感染引起，比如受到细菌感染引起泌尿系炎症，由于炎症的刺激可引起尿黄。另外，也不排除是泌尿系结石，由于结石在排出的过程中卡在尿道口，损伤局部黏膜，继发感染而引起尿黄。
