肾小管萎缩多数不能自愈，极少数短暂的肾脏供血受到影响所致的肾小管萎缩，一旦补充体液或纠正血容量不足后即可恢复。
常见的有慢性肾小球肾炎、肾小管炎、先天性肾血管畸形、肾动脉狭窄或堵塞、慢性肾病引起的肾间质纤维化、肾动脉粥样硬化后导致肾脏缺血性改变，久而久之引起肾小球硬化、肾小管萎缩、肾间质纤维化后出现肾功能损害，甚至引起慢性肾功能衰竭或尿毒症等情况，出现慢性肾衰竭后通常不能自愈，即使治疗也难以达到完全治愈。
早期发现和早期规范的治疗可以得到改善，甚至达到治愈肾小管萎缩，减少肾实质性损害、避免发生严重的肾功能损害性肾病。肾小管疾病重在早发现和早干预，促进肾脏血液循环得到改善，纠正肾脏缺血，积极控制肾炎进展、减少动脉血管硬化等等综合治疗处理而促进恢复。
当检查有肾小管萎缩或有慢性肾病的患者，需要规范的药物治疗和休养，缓解肾小球硬化即可延缓肾小管萎缩和促进肾小管萎缩恢复。
