干细胞移植后常常需要口服免疫抑制剂，比如激素、环孢素等药物，这些药物可以抑制患者的免疫功能，目的就是避免人体的免疫系统去攻击移植的干细胞，最终导致移植失败。
移植干细胞后，应用免疫抑制剂的时间是需要根据患者的身体恢复情况、干细胞存活及功能恢复情况等多方面共同决定的，大部分患者应用免疫抑制剂的时间在1-2年左右，1-2年后患者也不是立即停药，而是根据医生的建议逐渐减量，直至停药。
在用药期间，患者的免疫力不会恢复正常，彻底停药后根据患者机体的情况，恢复期也各不相同。有的需要几个月，慢的需要1年左右才能逐渐恢复正常。停药后，也可以适当应用一些增强免疫力的食物，比如冬虫夏草、灵芝等，可以促进免疫力的恢复。
