松果体母细胞瘤可能达不到治愈的效果，总体预后不佳。
松果体母细胞瘤的一个特点就是容易脑脊液种植，约45%的病人，通过MRI检查或脑脊液分析，可以发现脑脊液散播。也有部分患者的松果体母细胞瘤可转移到骨骼。松果体母细胞瘤是一种高度恶化，发生于儿童的原始胚胎性松果体实质性肿瘤。松果体母细胞瘤的5年生存率不足60%，其中，起病年龄越小，肿瘤直径越大，预后越差。
临床上治疗松果体区的肿瘤首选是手术治疗，因为松果体区的肿瘤的病理性质决定了对放疗不敏感，所以通过手术能够切除部分肿瘤或者是完全切除肿瘤，可以改善临床症状，提高生存时间。
