确诊甲状腺功能紊乱的常规指标包括血生化检查、影像学检查。
项目包括促甲状腺素（TSH）、甲状腺素（T4)、三碘甲状腺原氨酸（T3)、游离甲状腺素（FT4)、游离三碘甲状腺原氨酸（FT3)、甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb)、甲状腺球蛋白抗体（TGAb)，通常我们说的甲功三项指的是TSH、FT3、FT4，甲功五项指的是TSH、T3、T4、FT3、FT4。
其中FT3和FT4是游离的T3、T4，对指标的反应更为敏感，多用于甲状腺功能亢进或者甲状腺功能减退等的诊断。如果发现原发性甲状腺功能亢进，一般表现为T3、T4升高，TSH降低，同时FT3、FT4也升高，其中T3比T4更敏感。如果发生甲状腺功能减退，一般表现为T3、T4降低，同时TSH升高。
包括甲状腺超声、甲状腺CT、甲状腺MRI、甲状腺血管成像、颈部X片、放射性核素显像等，影像学检查更能直观地了解甲状腺的功能、大小、性质、与周围组织的关系等，更能清楚的对甲状腺功能进行判断。
