小儿水合氯醛灌肠小剂量对人体危害不大。如果大剂量使用或反复多次使用，其危害包括腹泻、腹胀、便秘等胃肠道症状。可能会导致心脏搏动无力、损伤肝肾、过敏反应、药物依赖性等，需在医生指导下使用。
- 灌肠之后由于药物对直肠黏膜的刺激，小儿会出现腹泻、腹胀、胃肠消化不良的表现。还会造成肠道的菌群破坏，可能会有便秘与腹泻交替存在，这种情况可以口服醒脾养儿颗粒或者蒙脱石散等药物来进行治疗。
- 大剂量使用可抑制心肌收缩力，使心脏搏动无力，并且可以抑制延髓呼吸中枢。
- 水合氯醛也有肝肾毒性，可引起肝功、肾功改变，多见于大剂量或者是反复使用的情况。
- 过敏反应，常见皮疹、皮肤瘙痒等。
- 长期使用可产生药物成瘾性、依赖性。突然停药可引起幻觉、烦躁、异常兴奋、震颤等严重的撤药综合征。
水合氯醛灌肠主要用于小儿高热惊厥或者是癫痫，可起到抗惊厥、止惊作用。水合氯醛灌肠只要是在安全剂量的前提下，一般是不会表现出副作用的。需要提醒的是，有直肠炎和结肠炎的小儿要禁止灌肠使用，可口服使用。
