慢性直肠炎的治疗，以一般治疗、对因治疗、药物治疗为主。
需要指导患者调整饮食结构，以高营养、低脂肪、易消化、易吸收食物为主，选择一些粪渣较少的食物食用。一定要避免辣椒等辛辣刺激性食物，避免吃一些难以消化的食物，更不能吸烟、饮酒，从而减轻对肠道的损伤刺激。
部分慢性直肠炎患者的发生，和长期情绪紧张、焦虑、抑郁相关，需要对患者进行心理疏导，改善情绪异常情况，从而改善病情。部分患者长期生活在污染环境中，或工作中接触一些刺激性物品，导致病变发生，需要改善上述生活工作环境，帮助稳定病情。
对于炎症明显的患者，需要使用抗生素药物抗炎治疗。例如：青霉素类、头孢菌素类、喹诺酮类抗生素等。可以对患者进行药物灌肠治疗，如果有肠黏膜水肿，灌肠液可以选择生理盐水、鞣酸、高锰酸钾等；如果存在黏膜糜烂，可以涂抹2%醋酸可的松溶液或10%硝酸银溶液等。
