肺血栓栓塞症的治疗主要包括以下几种方法，原则是早期诊断、早期干预，根据病人危险分层选择合适的治疗。
对出现肺血栓栓塞的患者应严密监测患者的呼吸、心率、血压、血气变化、心电图变化，保持大便通畅、避免用力。出现缺氧的可以通过吸氧纠正低氧血症，心功能不全患者可以使用增强心功能的药物。
抗凝治疗可以有效防止血栓再形成和复发，可以使用抗凝药物比如肝素等进行治疗。
对于高危的胃血栓栓塞的患者可以使用溶栓药物进行治疗，使用溶栓药物溶解血栓使血管再通。溶栓的时间窗口期一般为14天之内。
对于肺动脉主干和主要的分支出现的肺栓塞，如果危险度比较高，并且出现溶栓禁忌证的，可以使用导管辅助去除血栓。
另外还有肺动脉血栓摘除术、放置腔静脉过滤器等治疗方法，根据病人患者的临床需要合理选择。临床上有很多轻度的肺栓塞患者，通过休息等治疗自己有可能就会缓解。
