衣原体和支原体阳性，提示存在衣原体、支原体感染性疾病可能性，具体的疾病种类需结合患者临床症状进行判断。
- 首先，如患者是支原体阳性，同时存在眼干、流泪、眼涩等眼部感染症状，通常可考虑支原体眼结膜感染可能。如患者同时存在尿频、尿急、尿痛等泌尿系统感染症状，需通常要考虑支原体尿道感染可能。如患者同时合并发热、咳嗽、咳痰、胸闷等肺部感染症状，需要考虑支原体肺炎可能。
- 其次，如患者是衣原体阳性，同时存在眼干、眼痛、流泪、眼部分泌物增多等眼部感染症状，需考虑沙眼衣原体感染可能。如患者同时合并胸痛、胸闷、咳嗽、咳痰等症状，需考虑衣原体肺炎可能。如患者合并头痛、咽喉痛、发热、寒战等临床症状，需要考虑鹦鹉热衣原体感染可能。
需要注意，由于衣原体、支原体属于条件性致病微生物，即便患者身体健康，体内也可检出一部分支原体及衣原体。所以，即便化验检查结果提示衣原体支原体阳性，也不能完全断定患者的疾病与此类病原微生物感染有关，需做好鉴别诊断，避免漏诊。
