水痘长在生殖器上的处理，包括一般对症治疗、抗病毒治疗及并发症预防治疗等。
在一般对症治疗方面，一般需嘱患者注意休息，保持充足的水分及营养摄入，避免抓挠生殖器导致皮肤破损诱发继发性细菌感染，同时如患者合并皮肤瘙痒等症状，可在医生指导下使用5%碳酸氢钠溶液等药物进行局部冲洗，并使用B族维生素改善神经代谢治疗。如不合并明显不适症状，可以干晾为主，避免局部潮湿。
在抗病毒治疗方面，如患者存在免疫缺陷或应用免疫抑制剂人群，同时存在播散性水痘症状，需在医生指导下早期应用抗病毒药物，如阿昔洛韦、α-干扰素等。
在并发症预防方面，需密切观察生殖器皮肤状态及其他脏器感染特异性体征。如合并皮肤破损化脓等继发性细菌感染症状，需早期应用抗感染治疗。如合并头痛、头晕、恶心、呕吐、胸痛、胸闷、咳痰等病毒性脑炎、病毒性肺炎肺炎迹象，需早期到医疗机构住院，规范进行抗病毒治疗。
