孩子凌晨三点、四点咳嗽的原因非常多，主要有以下几方面：
- 孩子凌晨三点、四点咳嗽最常见的原因是感染。当呼吸道发生感染时，支气管黏膜充血水肿以及腺体分泌增多，就可能出现咳嗽。凌晨三点、四点的时候迷走神经兴奋性相对比较高，也可能出现咳嗽的情况。
- 需要警惕气道高反应以及支气管哮喘的可能。主要是凌晨三点、四点的时候空气温度比较低，容易刺激支气管发生痉挛，从而出现咳嗽的情况。大部分孩子呈干咳，而且还可能出现喘息、气促、发绀以及呼吸困难等症状，一般吸入支气管扩张剂后，症状可以明显改善。
- 还需要警惕上气道咳嗽综合征的可能。凌晨三点、四点的时候鼻腔分泌物向后滴漏，刺激咽喉部以后就容易出现咳嗽的情况，一般呈湿性咳嗽，而且会有流涕等症状伴随。
- 部分孩子凌晨三点、四点咳嗽还可能与突然呛奶有关，尤其是小婴儿的食管抗反流屏障功能相对比较差，就容易出现生理性胃食管，从而出现吐奶、呛奶的情况，就可能会刺激咳嗽中枢，从而出现咳嗽的情况，一般会伴随吐奶。
